La investigación y la innovación en la UNIBE se gestionan desde su Dirección de Investigación, que articula tres Grupos de Investigación interdisciplinarios —Educación, Salud y Ciencias Sociales y Jurídicas— para abordar prioridades locales y globales. Con el impulso de investigadores consolidados, docentes en formación y el Programa de Iniciación Científica de la UNIBE, estos equipos generan publicaciones indexadas de alto impacto y desarrollan proyectos de investigación. La producción se difunde mediante las plataformas institucionales: el repositorio Difuciencia, la Revista Científica UNIBE y el histórico Foro de investigadores. Vinculados a redes nacionales e internacionales, estos esfuerzos amplifican el impacto social, económico y ambiental de la universidad, posicionando a la UNIBE como referente en investigación, innovación y transferencia de conocimiento.